Spašavajući smrtno ranjenu Trinity (C.-A. Moss) i boreći se protiv agenta Smitha (H. Weaving), okretni Neo (K. Reeves), Odabrani kojem je proročica Oracle (G. Foster) predvidela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj stanici podzemne železnice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra (B. White), otac devojčice Sati (T. Atwal), i zagonetni Skretničar (B. Spence), Morpheus, Trinity i Dječak (C. Watson) suprotstavljaju se zlom Merovingianu...