Nakon što su ga Morpheus (L. Fishburne) i Trinity (C.-A. Moss) oslobodili nadzora strojeva i virtualnog života, mladi Thomas "Neo" Anderson (K. Reeves) još uvijek sasvim ne vjeruje da je Odabrani koji bi, prema tvrdnjama proročice Oracle (G. Foster), ljudske parazite i pobunjenike iz kolonije Zion mogao osloboditi zatočeništva u parazitskoj Matrici...